哈尔滨市中医医院始建于1957年，经过60年的艰苦创业，现已发展成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的三级甲等医院和全国示范中医医院，同时还被确定为黑龙江省中医药学会小儿推拿专业委员会主任委员单位，黑龙江中医药大学第三临床医学院。黑龙江省肛肠学会、哈尔滨市肛肠学会和哈尔滨市中医传统手法按摩学会等机构也设置在本院。

医院突出发挥中医特色优势，实行“大专科、小综合”的发展战略。2010年，建筑面积5550平方米的全国重点专科楼竣工并投入使用，标志着哈尔滨市中医医院走在了国家重点专科的行列，医院发展迈入了一个新的历史阶段。现医院具有国家临床重点专科1个：肛肠科；国家中医药管理局重点专科4个：肛肠科、脑病科、肾病科、心血管科；小儿斜颈科被确定为国家中医药管理局小儿斜颈协作组组长单位，完善了国家“小儿斜颈病”临床路径及诊疗方案，并荣获“全国小儿推拿行业2012年度标兵单位”、“2013年度全国推拿技术行业奖”荣誉称号;开辟独立的治疗区域，成立了“俄罗斯小儿脑瘫治疗康复中心”，标志着我省首家俄罗斯脑瘫患儿门诊治疗中心在我院正式开诊。2017年9月小儿脑瘫治疗康复中心成功中标哈尔滨市采购中心脑瘫儿童定点康复机构项目，为服务广大脑瘫患儿提供了更广阔的平台。

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肛肠科治疗中心现有6个病区，设床位323张，其科系规模和技术力量在全国处于前列地位；中医脑病科现有3个病区和1个康复科。中医脑病科采用中西医结合药物、手术、针灸、体疗等治疗方法，在治疗脑出血、脑梗塞、老年痴呆症等方面积累了丰富经验；心血管病房以中医为主、中西医结合抢救治疗冠心病、心肌炎、心力衰竭、高血压及内科疑难病症有独到专长；小儿斜颈科通过辨证施治,运用独创的“按、揉、牵”三法，在治疗小儿肌性斜颈方面达到了国内同行业的前列水平；小儿脑瘫治疗康复中心突破了传统四肢按摩法，按照人体脑组织区域的分布，形成了一套独特的中医推拿功能训练体系，大大提高了脑瘫患儿的生存质量，；“治未病”科利用引进的中医体质辨识系统，满足群众“未病早治、既病防变、愈后防复”的治疗要求，开展了中医保健、慢病预防、中医体质辨识及干预、冬病夏治、夏病冬治等项目；中医骨伤科、儿科、妇科、外科、按摩科、针灸科、皮肤科为院级重点专科，在治疗上各具特色；此外医院在中药制剂方面继承和开发秘、验药方，研制再生产丸、散、膏、颗粒、胶囊、冲剂、擦洗剂等49个品种。